Small atlas of the Eurasian curlew Numenius arquata distribution on the functional site of the Moëze-Oléron nature reserve

Petit atlas de la répartition du Courlis cendré Numenius arquata sur le site fonctionnel de la réserve naturelle de Moëze-Oléron

SINOQUET Anne & ROBIN Frédéric

compilé le 2022-08-29

Abstract

The use of GPS tracking systems on birds is fast-growing in the world of research and conservation. Recently, the development of miniturized GPS makes it possible to equip even smaller birds. Since 2015, the LPO in collaboration with research teams of the LIENSs (CNRS-Université de La Rochelle) and the CESCO (CNRS MNHN SU), have equiped shorebirds to better understand the use of space in the Moëze-Oléron nature reserve. The high frequency of location recording has lead to a significant increase of data and difficulties to visualize informations. This work provides a tool to produce a map overview of curlews’ location during an annual cycle, considering the tides, their amplitude and the day/night cycle.

Résumé
L’utilisation de balises GPS sur les oiseaux connaît un essor dans le monde de la recherche et de la conservation. La miniaturisation permet d’équiper des oiseaux de plus en plus petits. Depuis 2015, la LPO en collaboration avec les équipes de chercheurs du LIENSs (CNRS-Université de La Rochelle) et celle du CESCO (CNRS MNHN SU), équipe des oiseaux limicoles de GPS pour mieux comprendre l’utilisation spatiale du site fonctionnel de la réserve naturelle nationale de Moëze-Oléron. La haute fréquence d’enregistrement de localisation aboutit à un gonflement important des bases des données et irrémédiablement à la difficulté de visualiser l’information. Ce travail traite cartographiquement la localisation des Courlis au cours du cycle annuel, considérant le rythme des marées, leur amplitude et le cycle jour/nuit.

Table des matières

Contexte
Matériel et Méthodes
- Les conditons étudiées
Cartographie

Contexte

Ce document est un document d’accompagnement de la ressource cartographique sur la répartition des Courlis cendré Numenius arquata sur le site fonctionnel de la réserve naturelle nationale de Moëze-Oléron (RNNMO) (latitude : 45.9, longitude : -1.15).

Ce travail repose sur la capitalisation de données de GPS miniaturisés fixés sur des Courlis cendrés (Numenius arquata) dans le cadre du programme de Baguage CRBPO PP366 de la réserve naturelle (contact Pierre ROUSSEAU) et les collaborations avec les programmes de recherche sur les limicoles LIMITRACK https://limitrack.univ-lr.fr/ du laboratoire LIENSs (responsable Pierrick BOCHER) https://lienss.univ-larochelle.fr/Presentation-281 et du CESCO (responsable Frédéric JIGUET) http://cesco.mnhn.fr/fr .

Les rendus cartographiques reposent sur 40 individus et environ 618 milliers de points entre 2015 et 2022. Les localisations précises sont traitées au regard des marées et de la journée (jour/nuit). Dans le but de limiter les valeurs parasites liées aux déplacements des oiseaux, seules les données caractérisant une vitesse inférieure à 0.5 km/h ont été utilisées pour la cartographie des localisations (points chauds) puis inférieure à 0.25 km/h pour les domaines vitaux (kernels).

Matériel et Méthodes

Les données ont été représentées sous deux formes.
1. Cartographie de points chauds sur une maille de 10x10m (gradient du jaune au rouge), les occurences de présence d’individus ont été sommées en densité de points, puis transformées (log) afin de faciliter la lecture de la cartographie.
2. Enveloppes des domaines vitaux, traitées individuellement via des kernels 95% (zone de présence globale, forte transparence) et 50% (zone principale de présence, faible transparence), chacune des enveloppes individuelles ont été fusionnées afin de représenter un kernel pour l’espèce.

Les conditons étudiées

Le cycle jour/nuit : le jeu de données a été découpé sur la base des heures d’éphémérides de lever et de coucher du soleil.
Les rythmes tidaux : le jeu de données a été stratifié sur la bathymétrie disponible via Litto3D de Géoportail et les hauteurs d’eau disponibles sur le Service Hydrographique et Océanographique de la Marine (SHOM).
Amplitudes tidales : pour distinguer les marées de hautes amplitudes des marées de faibles amplitudes, un seuil de 2.3m (calculé sur la base du zéro terrestre, équivalent + 3,57m du zéro hydrographique) a été retenu. Ce seuil subjectif repose sur le dire d’experts, la vasière intertidal n’étant plus disponible pour l’espèce.
Le cycle migratoire : le jeu de données a été découpé en 4 périodes : retour de migration post-nuptiale (août-octobre), hivernage (novembre-janvier), préparation migration pré-nuptiale (février-avril), estivage (mai-juillet).

NB : le jeu de données utilisé pour les analyses regroupe les individus équipés d’une balise avec une occurence d’envoie de données supérieure à 2 sorties GPS par heure, renvoyant des calculs de vitesse plus proche de la réalité.

Ce document a été compilé sur R version 4.0.5. Les analyses kernel se basent sur le package adehabitatHR selon la méthode Least-square cross validation. Les cartes ont été produites via le package leaflet sur le fond ortho “HR.ORTHOIMAGERY.ORTHOPHOTOS” disponible sur l’IGN. La version HTML de ce document permet de naviguer sur les emprises du périmètre d’étude.

Cartographie

Cartographie générale

Vue d’ensemble sur les sites d’intérêt (n = 40, données = 618072) L’emprise de la RNNMO est représentée par un polygone rouge sur l’ensemble des cartographies suivantes.

Zoom sur Ile madame

Zoom sur Estuaire

Zoom sur Sud Estuaire

Zoom sur Nord Reserve

Zoom sur Reserve

Zoom sur Sud Reserve

Zoom sur Baie Sinche

Zoom sur Fort Royer

Zoom sur Arceau

Zoom sur Doux

Zoom sur Nord Viaduc

Zoom sur Sud Viaduc

Zoom sur Brouage

Cycle jour/nuit

Vue d’ensemble de la répartition des individus au cours de la journée (blanc, n = 24 individus, données = 327895) et de la nuit (noir, n = 24 individus, données = 290144)

Jour Nuit

Jour